使血中胆固醇水平升高，嗜睡不醒，头痛或头晕，烦躁不安。心脏血管方面，会引起血压高，心动过速。最常见的是消化系统，有食欲不振、恶心、呕吐、腹泻或是便秘等。此药副作用虽然比较多，但不一定都会出现，与个体差异有关，有轻有重。
可以用于抑郁症的临床治疗，也可用于强迫症、惊恐障碍、社交焦虑障碍等的临床治疗，足量足疗程都可以有不错的效果。可能会有撤药反应，在撤药的时候应该缓慢进行。该药副作用主要包括恶心、腹泻、失眠、不安和性功能障碍等，多数副作用持续时间短，多为一过性的，患者多能耐受，大概十天左右就会慢慢消失。
该药初始剂量为20mg，根据患者的具体情况，每次加10mg，间隔时间应不少于一周，此药不能停药太快，可能会有撤药反应，所以，在撤药的时候应该缓慢进行。该药副作用主要包括恶心、腹泻、失眠、不安和性功能障碍等，多数副作用持续时间短，多为一过性的，患者多能耐受，大概十天左右就会慢慢消失。
长期使用盐酸帕罗西汀片可能会出现胃肠道不适，如恶心、厌食、腹泻等。亦可出现头痛、不安、无力、嗜睡、失眠、头晕等。少见不良反应有过敏性皮疹及性功能减退。然停药可见撤药综合症，如失眠、焦虑、恶心、呕吐和胃肠胀气；其他还有乏力、性功能障碍(包括阳痿、性欲下降)副作用。低钠血症者较少见，主要发生在老年人，通常在停药后迅速恢复。而且在维持治疗期间药物剂量未变，也没有任何心理社会应激事件，却可能出现抑郁复发。
它是抗抑郁药物，常用剂量为20mg，一天一片，治疗量一般不超过2片，根据每个人状况不同，也有用一天三片的，超剂量用药，严重会引起药物中毒，它的安全范围比较宽，不会引起严重的副反应，动物试验表明，相当于人类用药的数十倍没有明显的中毒反应。
此药服用2到3周。之后再根据病人的反应看是否需要调整剂量，每周以10mg量递增，每日最大量可达50mg/d。在强迫性神经症患者中，正常剂量20mg/日，每周以10mg量递增，每日最大剂量可达60mg。惊恐障碍患者因其早期症状可能加重，从10mg/d剂量开始，根据病人的反应，每周以10mg量递增，正常剂量为40mg/日，最大剂量可达50mg/日。