房颤引起脑血栓可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行治疗。
房颤导致脑血栓形成，说明通常为血栓是由于左心耳脱落所致，若为脑血栓急性形成期，可考虑溶栓治疗，及抗凝治疗，只要及时处理，并辅之以增强脑神经功能药物，恢复情况总体较为理想。对于已经发生或可能会产生大范围栓子沉积在左心耳处，需要手术切除病灶的病例，建议首选外科手术方式，避免再一次栓塞性并发症的发生。如有脑血栓形成，应警惕房颤患者左心耳又有血栓可能，此时应长期口服抗凝药治疗，以防止心耳内血栓，可选华法林、达比加群等，口服药，如利伐沙班，防止血栓形成。另外还需要注意避免服用阿司匹林，因为它容易诱发脑出血和脑梗死。
脑梗死起病后，应及早就医，愈早来院愈佳。
如果错过最佳救治时机就会危及患者生命，可溶栓治疗，以三个小时内为宜，接下来的4-5小时内，至迟不超过六个小时。如果错过这个时间就会影响疗效。目前临床上对于急性脑梗塞主要采用药物溶栓进行治疗。有条件者，医院及家属亦可选择血管内介入对脑梗死进行治疗，但适应证的选择要严格。对于急性缺血性脑卒中患者进行及时有效的干预是非常重要的，这将对减少致残率、提高生活质量起到积极作用。脑梗死治疗一般以抗血小板聚集，降血脂等为主。还要对脑血管病危险因素进行处理，对血压，血糖，血脂等进行控制。对于脑血栓形成患者需要进行抗凝药物治疗，并且使用肝素类药物。其他疗法有康复训练、康复治疗等。
脑血栓引起的偏瘫经过合理的药物治疗和康复训练，多数是可以恢复的，临床上可以治疗偏瘫的药物也很多，像依达拉奉、同仁堂再造丸等西药、中成药都是可以的，特别是再造丸，有恢复肢体功能的功效，在脑血栓恢复期发挥着重要的临床作用。此外，还应针对偏瘫肢体功能障碍进行康复训练，建议到专业康复机构进行。
如果出现心律失常的房颤，通常需要进行抗凝治疗，原因是房颤发生后，左心房旁的辅助性器官左心耳会出现血液淤积、血流缓慢，从而出现血栓。
如果血栓脱落到左房，就会从左房流入左室，然后从左室流入主动脉及其分支，造成脑血管等血管的血流堵塞，从而导致脑梗死、肾梗死、脾梗死。如果出现心室率不高的情况，还需要进行抗凝治疗。
急性脑梗死是临床常见的脑血管系统疾病，主要是因为血液黏稠度增高、脑动脉粥样硬化等多种原因引起的脑组织供血不足，导致严重的神经功能受损，造成对侧肢体运动和感觉功能障碍的问题，出现偏瘫的表现。患者可通过药物以及康复训练来共同改善预后。
药物方面，对于缺血性的中风，临床常应用具有活血化瘀功效的药物，例如同仁堂化瘀丸，该药可有效抑制血小板凝聚，防止血栓形成，增加各组织的血液灌注，有效地降低血清炎性因子水平，使患者脑血管通畅、脑细胞功能恢复，从而起到益气活血、化瘀通络的功效，帮助患者改善偏瘫的问题。
此外，应尽早开始康复治疗，可防止肢体关节、肌肉挛缩；而且还有助于促进相应局部脑血流增加，促使尚存在的细胞恢复功能，对患者预后极有好处。
对于脑出血导致的肢体偏瘫的情况，首先建议给患者适当的使用一些健脑，营养神经的药物来进行治疗，以帮助改善脑组织细胞缺血缺氧的状态。临床上可以采用脑蛋白水解物片，或者是使用注射用鼠神经生长因子来进行治疗。另外要请有经验的康复师对患者的偏瘫肢体进行康复功能锻炼，根据患者的情况，制定个体化的锻炼计划，循序渐进，帮助患者逐步改善肢体的运动功能。
