切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
脓肿形成早期，可采用抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等。脓肿一旦形成，即行切开引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。治疗时需要去正规大医院。
治疗肛周脓肿最重要的是找到内口进行治疗，只是单纯排脓是不行的，可以采用微创手术治疗肛周脓肿，可以一次性治疗，处理不当容易形成肛瘘。对于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。
脑脓肿治疗的时间，一般都很长，起码讲抗炎可能要4~6周，经过4~6周的抗炎，才能开展下一步治疗。
还需要根据患者影像学结果来观察其脓肿，是已接近切除，还是已被彻底包埋，之后患者症状是否得到了彻底缓解，进而确定是否需要持续抗炎治疗。
总之其抗感染时间，相对于其他的肺炎、腹腔等感染，治疗时间，大概相对长一点。
大多数肛周脓肿起源于肛腺导管的阻塞伴细菌繁殖和脓肿形成，缺乏波动感时应延迟引流。治疗应包括脓肿的切开引流和防止切口假愈合而导致急性复发。切口宜适当，置管引流或挂线。肛瘘术前常用挂线控制局部感染。很多肛周脓肿在门诊容易治疗，但复杂性感染需在麻醉下检查以确保适当引流。
