腱鞘囊肿治疗方法有手术与非手术治疗两种，在这些腱鞘囊肿中，有一小部分病人可自行消退，但是有些病人在经过各种治疗后仍复发，非手术治疗和保守治疗的复发率比较高，但是这类方法的创伤最小，容易为病人所接受，临床可作首选治疗。
可经挤压致使腱鞘囊肿断裂而渐渐自行吸收，但在治疗之后，可反复发作，连接关节腔不易断裂，可通过穿刺将囊液拔出，再加压按压或拔出囊液，送入肾上腺皮质激素进行局部加压包扎，一般均能起到治疗作用。
手术治疗是指在其他治疗无效的情况下，腱鞘囊肿可手术摘除，但仍存在不同程度的复发机会，故术后需避免病部关节不断重复连续运动和剧烈运动，为了避免再复发的可能性。
卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
宫颈腺囊肿如果是由于宫颈的生理性变化引起的，一般不需要进行特殊的治疗。如果是颈的慢性炎症、宫颈局部的损伤，从而使宫颈腺管口狭窄引起的，患者需要在医生的指导下给阴道上药来治疗慢性的宫颈炎症，常见的药物有保妇康栓、消糜栓、坤净栓等。当囊肿比较大时，患者还可以在医生的指导下进行手术，通过手术直接把囊肿戳破来达到治疗的效果。
一般来说，宫颈囊肿是一种慢性宫颈炎，要根据自身的情况来选择治疗。
1、体积小于1cm的单发宫颈囊肿，若为出现不适症状，可以先不用治疗。
2、宫颈囊肿体积大于1cm，可以选择钳夹、电灼、冰冻等方法治疗。
如果出现宫颈囊肿，伴随白带量增加、白带发黄、异味等症状，可以口服消炎药物进行抗感染。宫颈囊肿有可能合并宫颈息肉、宫颈糜烂等宫颈炎综合征，患者可以通过波姆光、超声聚焦等方式进行治疗。
脑囊肿可分为蛛网膜囊肿和室管膜囊肿，前者占绝大多数，后者少见。蛛网膜囊肿是脑脊液样的囊液被包围在蛛网膜所形成的袋状结构而成，最常见于中颅底、桥小脑角、鞍上和颅后窝等。可致颅内高压，引起脑水肿、脑疝，危及生命。
囊肿不会癌变，但有些癌在病变过程中会长成囊肿。囊肿的囊壁是一层膜状结构，其内皮有分泌功能，能分泌浆液，如腱鞘囊肿、肾囊肿等，这些囊肿是良性病变，不会癌变。而在一些癌性病变，当肿块中间发生缺血坏死，坏死组织液化并被包裹，形成囊性结构，或一些恶性病变中具有一定的分泌功能的癌细胞逐步增长，形成囊性结节，就是癌性囊肿，如粘液囊腺癌。