引起胚胎停育的原因太多了，染色体发育异常是造成胚胎停育的最大元凶，而造成染色体异常的原因有辐射、药物、食物激素等影响，或者使用了不合格的护肤品、指甲油等，因为这些产品可能会含有甲醛等致畸物质。
胚胎停止发育可能跟男性精子质量差有关系，常见原因有染色体异常、免疫功能不全、内分泌功能紊乱、子宫内环境异常、遗传性血栓形成倾向、全身感染性疾病等女性危险因素、精子成熟障碍等男性危险因素、环境不良等因素。
生殖道解剖结构异常，内分泌异常，生殖道感染，血栓性疾病因素，免疫因素，其他尚有男性因素，都是导致胎停出现的原因。现在需要检查明确导致胎停的原因，针对性调理确保下次安全孕育。
胚胎停育的原因包括：一、遗传因素。如果本身存在先天性遗传基因缺陷、染色体异常等问题时，就会增大发生胚胎停育的几率，常见的遗传基因缺陷主要是精子染色体异常或者卵子染色体异常。二、激素分泌不足。激素分泌不足也是一个导致胚胎停育的主要因素，激素分泌不足就会导致胚胎发育受到影响而造成停胎。三、子宫腔畸形。
子宫畸形：如果说女性子宫畸形，比如双角子宫，子宫发育不良等都会导致胚胎难以着床，即便着床了也会发育不良，一不小心就会出现先兆性流产症状。胚胎异常：胚胎异常也是导致先兆性流产的原因之一，有一些女性怀孕之后，往往会因为遗传因素。
若女性在怀孕期间身体患有某些疾病，如流感、肺炎等传染性疾病，那么这些细菌病毒会侵害胚胎从而导致胎儿中毒。若女性的内分泌失调，如甲状腺、脑垂体功能下降，这会导致子宫发育不良，从而无法为胚胎提供良好的生长发育的环境，甚至会对胚胎的发育产生危害，这都会造成先兆流产。