肾囊肿最好先检查囊肿的大小，如果是比较小的囊肿或者是没有对周围组织产生影响的囊肿不需要治疗。如果是比较大的囊肿，或者是已经对周围组织产生压迫，则需要通过注射硬化剂或者是通过手术来治疗。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
肾囊肿较小的一般无需治疗，单纯性肾囊肿对周围组织和肾功能影响不大，无需特别关注，若囊肿直径超过10厘米，则要进行手术切除，通过腹腔镜的方法，可对肾囊肿进行去顶，通过释放囊液，达到治疗效果。饮食上要补充高纤维，高维生素的食物，如玉米，小麦等，多吃新鲜的水果蔬菜，戒烟戒酒，不要吃辣椒，海鲜，油炸性食品。
囊肿的治疗是腹腔镜肾囊肿去顶减压手术，或者是开放性的囊肿去顶减压，也可以通过经皮囊肿穿刺抽液，然后注射无水酒精破坏囊肿的壁，囊肿的分泌功能受损，不会再增大。
一般超过5cm的肾囊肿对肾脏会有压迫症状，引起腰痛，一般需要手术治疗。目前有点大，可以考虑微创腹腔镜去顶开窗术，也可以继续观察，一般一年复查一次，继续增大，就做手术。
