如果是很大的，第一个是卵巢的储备率下降，对卵巢功能造成损害。特别是恶性的，如果两侧卵巢都切除，会提前出现更年期；如果是良性的、切除单个的，甚至＜5cm这类的病例，切除后并发症是很少的。
卵巢畸胎瘤分为成熟型畸胎瘤和未成熟型畸胎瘤两种类型，分别采用不同的外科方法进行处理。
成熟型畸胎瘤多见于青年女性，一般应行手术切除；未成熟型畸胎瘤也是比较常见的，是恶性肿瘤，需要考虑到肿瘤的分级，以及外科治疗的范围。若从保存生殖能力的角度来看，应选择一侧辅助手术；在不需保留生殖能力的情况下，可以采用手术治疗，将患侧附件切除掉。
畸形瘤在手术结束后，在饮食上需要特别注意，不能吃很多食物，比如羊肉、胡椒和公鸡，这些食物摄取过多，伤口出血的现象会更加严重，还有一部分食物是头发。吃这些饭菜，卵巢畸形瘤会复发。
卵巢畸胎瘤手术后每年都要复查的，卵巢畸胎瘤通常是良性病变，手术后容易复发。平时注意腹部保暖，少吃生冷的食物，养成良好的生活作息习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖是影响身体良好的，平时不要吃辛辣口味食物和含激素高的食物。
卵巢内有畸胎瘤的话会影响到卵巢的正常功能，如月经紊乱等，盆腔内有积液，影响女性正常排卵，很难怀孕，或者流产可能性大。所以一般卵巢畸胎瘤可以进行手术切除，良性肿瘤一旦切除复发的可能性很小，切除后月经恢复正常，排卵期正常。可进行超声检查，可以知道子宫内膜厚度是否恢复到月经来潮的厚度，盆腔内积液是否减少，如果有明显改善，再调理一段时间，就可恢复到正常排卵了，不久就可以怀孕了。
卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。
