癫痫病因中，先天性因素有遗传因素和先天性发育不良，先天性脑积水，胼骶体发育不全，脑皮质发育不全，先天性的脑瘫，染色体畸形等。产伤是婴儿期症状性癫痫的常见病因，在生产时脑部挫伤，水肿、出血和梗塞也能导致局部脑硬化，脑性瘫痪。若干年后形成病灶。
小儿疝气是先天性的，它是因为先天性的解剖结构鞘状突在出生以后没有闭塞，在腹股沟区遗留一个通道。
在腹压增加的诱发因素下，腹腔内、盆腔内的脏器比如说肠管、卵巢、子宫等通过这个通道由腹腔或者盆腔下降到腹股沟区或者阴囊内，形成一个质软的、可回纳的包块。小儿疝气往往不能自行愈合。保守治疗没有明显的效果，需要手术治疗。
癫痫具有遗传倾向，有一些直系家属的癫痫等患者得癫痫的几率会增高。继发性的疾病也会出现癫痫，比如脑外伤、脑的肿瘤、脑梗死，脑出血还有脑的缺血缺氧性疾病，也会出现癫痫，比如一氧化碳的中毒、低血糖症等。
通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
一般情况下，心肌病有先天性的，具体内容如下：
心肌病是一个比较广泛的概念，其下囊括了扩张性心肌病、肥厚型心肌病、限制性心肌病等多种病症，而多数心肌病具有一定的遗传性。因此，除后天因素所致的病症外，心肌病也存在先天性的。其中，常染色体显性遗传可能会导致患者患有肥厚型心肌病，扩张性心肌病也可能与遗传性的致病基因相关。
