扁桃体结石臭是因为扁桃体慢性、长期发炎导致扁桃体隐窝长期处于阻塞状态，分泌物引流不畅导致上瘾窝里存在上皮细胞脱落、白细胞、淋巴细胞、分泌物、食物残渣混在一起以及不易溶解的钙、镁等无机盐的沉积形成结石。
扁桃体结石不能自愈。扁桃体结石如果不加以治疗只会越长越大，不可能会在不做治疗的症状下自行愈合，所以如果患上扁桃体结石一定要积极配合医生治疗，扁桃体结石不是特别难以治疗的疾病，但是如果长期不治疗，也会使结石越长越大。
扁桃体结石可以直接张开嘴，打手电筒就能够看到，也可以去医院检查，明确有扁桃体结石，并且伴有异物感、嗓子疼痛不适，需要进行清理，将隐藏在扁桃体隐窝的结石，使用镊子夹取，但是很难能够彻底清理干净。
扁桃体结石的形成，每个人的情况不一样，时间也是有所差别的。这是因为个人不注意口腔卫生，饭后没有及时漱口，导致食物残渣和一些垃圾长期残留在扁桃体隐窝下而形成的，可能是几个月，或者是几年。扁桃体结石一旦形成是很难彻底清理干净的，而且有可能导致慢性扁桃体炎的发生，这时就要结合一些药物进行治疗，或者是考虑手术切除扁桃体。
扁桃体内部存留的脓栓反复排出引起。因为扁桃体内部存有6-20个隐窝，发生急性感染时，隐窝内可以由白细胞和细菌浓缩成脓栓。而在间歇期时，随着吞咽动作的挤压，扁桃体内部的脓栓会逐渐的排出，从而引起一系列的症状。注意口腔卫生，如餐后、睡前刷牙，使用漱口液漱口。也可以尝试扁桃体按摩的方式，促进脓栓的排出，但是远期疗效不是特别好。
