扁桃体结石臭是因为扁桃体慢性、长期发炎导致扁桃体隐窝长期处于阻塞状态，分泌物引流不畅导致上瘾窝里存在上皮细胞脱落、白细胞、淋巴细胞、分泌物、食物残渣混在一起以及不易溶解的钙、镁等无机盐的沉积形成结石。
在扁桃体隐窝处，会有食物的残渣残留积聚，长时间的不清理，就容易导致细菌感染，细菌的繁殖。久而久之就会形成不容易溶解的钙，镁等无机盐沉积在扁桃体隐窝中，慢慢就形成结石。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
扁桃体结石主要见于慢性扁桃体炎，部位一般位于扁桃体隐窝，检查可见扁桃，体隐窝内白色颗粒状物质，有的只有一个，有的有好几个。有些扁桃体结石不用处理，是可以自己掉出来的，平时可以多用盐水漱口。若是扁桃体结石引起不适的感觉，通过盐水漱口等方法不能掉出来的，可以到医院让医生用镊子夹出来，然后多用盐水漱口即可。
扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，因为此处长期阻塞、分泌物引流不畅而成干酪样物积聚，加上不易溶解的钙、镁等无机盐沉积而成结石，其核心可为小异物、脱落的上皮细胞或细菌等。