巧克力囊肿和畸胎瘤的治疗方法主要是手术治疗。区分两者，其实通过CT扫描往往可以鉴别！典型的畸胎瘤具有三胚层组织，比如脂肪、牙齿、骨骼、毛发、肌肉等，如果CT显示病变内有组织成分，即可确诊为畸胎瘤。巧克力囊肿是子宫内膜异位症，囊肿内往往存在出血，所以CT扫描主要以囊性病灶为主要表现，并且囊内的密度可以比较高，但是没有畸胎瘤的各种组织成分，所以鉴别不成问题的。
首先畸胎瘤是肿瘤，是恶性的肿瘤。而巧克力囊肿是有良性的。去正规专科医院或正规医院专科诊断做个四维彩超，详细检查，对症治疗，遵医嘱，仔细配合医生治疗。平时多休息，锻炼身体，提高免疫力。不要乱用药。
畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
畸胎瘤会出现以下症状：
通常来讲，如果女性患有畸胎瘤，而畸胎瘤被细分为良性和恶性，若是良性的畸胎瘤，就不会出现什么症状，基本是在进行B超检查来发现的。若是恶性的胎瘤，就会出现腹部有包块，腹胀，尿频，便秘等症状，这时就需要及时的前往医院进行检查治疗。
女性在日常生活中还应保证充足睡眠，避免熬夜、过度劳累，适当多吃富含维生素的新鲜水果和蔬菜。
畸胎瘤是一种先天性的肿瘤，不是畸形，畸胎瘤的形成是由于全能发展的组织或细胞从整体中分离，混杂在个体内发育而成。畸胎瘤发育活跃，有的生后不久就可恶变。正是因为畸胎瘤，有恶变的可能，因此一旦确诊为畸胎瘤，不论年龄大小，都应该争取早日手术切除。
三个月后准备怀孕没有效果。在准备怀孕之前，我们必须注意孕前检查。孕前检查可以准确检查身体健康状况，知道身体是否处于那种妊娠状态。孕前检查有利于孕后胎儿的生长发育。