肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。
可以进行b超或者ct引导下穿刺引流，将脓液引流的同时再使用抗生素类的药物，可以达到良好的治疗效果。全身治疗，患者要卧床休息，输液，多饮水，维持每日尿量达1.5L以上，有利于炎症产物排出。
肾脓肿治疗主要是脓液引流及抗炎输液控制感染治疗。如果合并糖尿病应该积极控制血糖，否则患者有感染性休克甚至死亡的可能。脓液引流可根据脓肿的大小，采取经皮肾穿刺引流和手术切开引流。也可以根据细菌培养结果使用敏感的抗菌素。
应该全身治疗，患者要卧床休息，输液，多饮水，维持每日尿量达1.5L以上，有利于炎症产物排出。手术治疗，可采用囊肿去顶减压术，减轻了囊肿对肾实质的压迫，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复。
肾脓肿的治疗费用在1万-3万元左右，医院的不同收费标准也就不同，患者的病情不一样，治疗方法也是会有差别的，肾脓肿现在直径达到6到7厘米是比较大的，可以考虑手术切除，每家医院手术的费用是不一样的。可以去正规的三甲医院就诊，考虑做微创的方法手术创伤比较少，术后恢复的比较快，一般的医院要几千到1万元左右。
肾囊肿一般伴有肾功能损害有不同程度的贫血，为全身表现，腰痛，慢性病人患侧腰部明显压痛及叩击痛，腰部可扪及肿块。患者中期表现在腰痛、肾区有包块、尿液中大量脓细胞、血中白细胞明显增高。