HPV感染引起的疾病不同，临床症状也会有所差别。
1、寻常疣：寻常疣可发生在全身任何部位，以手部较为多见，皮损一般呈灰褐色、棕色或正常肤色丘疹，表面粗糙，质地坚硬，多为黄豆大小或更大。
2、扁平疣：扁平疣好发于面部、手背及前臂等处，皮损为米粒大小的硬块。
男性生殖道感染以尿道黏膜红、肿、痒和轻度刺痛最为典型。
严重者会有尿道口脓液流出，伴有排尿不舒服，或者阴茎增大、尿频、尿急、尿痛甚至血尿等症状。会出现腹股沟淋巴结增大，尿道口会出现稀薄分泌物排出，并且出现炎症加剧，可能会导致急性睾丸炎，附睾炎，前列腺炎和精囊炎。
肺部感染的情况有发烧，咳嗽咳痰等症状，如果肺部感染的情况比较严重，还有的患者可能会出现呼吸困难胸痛的症状。肺部感染的症状，表现并不是典型的，如果年龄比较大的人患有肺炎不仅会表现为基础疾病，还可能会加重病情，比如出现精神变差，呼吸急促等。一旦出现这种症状，应该及时到医院进行检查，查明病因以后再针对性治疗。
梅毒感染会根据具体分期出现不同的症状。
梅毒感染一般分为一期梅毒、二期梅毒以及三期梅毒。若是一期梅毒，患者常会出现硬下疳；若为二期梅毒，患者常会出现梅毒疹，多会伴随有脱发、乏力等多种症状；若是三期梅毒，损害更加广泛，可能会侵犯身体脏器，造成功能损害。
出现该病通常及时就医，避免病情拖延，导致症状加重。
肺感染会有喘息和气急的症状，患者出现肺感染以后，会让患者出现并发性的喘息性支气管痉挛，因此患者会出现气急和喘息的症状，疾病如果反复发作，而感染持续加重，还会让患者出现阻塞性肺气肿的症状，患者会发生不同程度的气急，严重的时候还会让患者生活不能自理。另外患者还会出现咳痰的症状，是由于夜间患者睡眠以后，管腔内会有蓄积的痰液。
阴道妇科炎症症缘由感染的病原菌不同，症状也不相同。念珠菌性阴道妇科炎症。会表现为阴道分泌物呈现豆腐渣一样，并且伴有外阴瘙痒以及外阴红肿。有人还会出现尿尿次数增多、小便很急。
