一般情况下，肛门抽痛，患者可以采用药物治疗、手术治疗等方式进行治疗。
1.药物治疗：肛门抽痛，患者可以在医生指导下使用甲硝唑栓、盐酸左氧氟沙星片、如意金黄散等药物进行治疗，能够起到消炎的作用。
2.手术治疗：肛门抽痛，患者应该及时就医治疗，可以在医生指导下通过黏膜切除术、内镜下黏膜剥离术等方式进行治疗。
肛门部发生胀痛，一方面可能是由于便秘，排便不畅后导致肛门部胀痛，这主要是大便排出困难，导致肛门局部血液回流不畅而发生。另一方面，也可能是由于外痔皮下出血造成血栓性外痔而发生胀痛，治疗以活血化瘀，消肿止痛为主。
如果痛经的时候出现肛门抽痛，可能患有盆腔炎。或者附件炎等刺激症状导致，可以做个超声检查。妇科炎症也会引起痛经，月经期间机体抵抗力变低，可能会导致症状加重。要是痛经引起的放射性疼痛，可以用热水袋热敷小腹，多喝热水，注意保暖，如果症状严重可以服用止疼药物，经期饮食不要吃辛辣、生冷的食物。
一般情况下，肛门局部肿胀疼痛主要是痔疮水肿或者肛周脓肿导致。
外痔炎性水肿或者内痔出现急性增大时，有可能压迫肛周局部而出现疼痛，肛门肿痛可以通过局部热敷、温水坐浴等方法促进血液循环，消除肿痛。避免长时间久坐，治疗便秘，不吃辛辣刺激的食物等方法也可缓解。肛周脓肿也会出现肛周局部急性的红肿热痛，并且伴随有脓腔和脓液的形成，发作期间局部皮肤温度升高，缓解疼痛的方法是以手术切除为主。
内痔出血外痔痛，最常见的就是痔疮。内痔的主要临床表现是出血和脱出。外痔主要临床表现是肛门不适、潮湿不洁，有时有瘙痒。肛裂病人有典型的临床表现，即疼痛、便秘和出血。确定诊断需要做肛门指诊及肛门镜检查。一般治疗，避免久坐，避免辛辣刺激性食物很重要，增加纤维性食物，改变不良的大便习惯，保持大便通畅，防治便秘和腹泻。热水坐浴可改善局部血液循环。
灰指甲一般在发病早期并不会出现疼痛，但如果疾病持续加重，出现了指（趾）甲脱落、变形、破碎，或引起甲沟炎、甲床炎、嵌甲等并发症时，则可能会因炎症问题出现疼痛。
灰指甲是由于指（趾）甲受到真菌感染后引起的甲部病变，一般表现为指（趾）甲甲板变色、变形、增厚、糟碎、翘起等，通常这个阶段的灰指甲不会出现疼痛的现象。如果没有及时治疗，真菌在甲下大量繁殖后，会引起甲沟、甲床炎性反应，此时患者会出现不同程度的疼痛，影响正常生活和工作。为避免病情恶化，患者需用药来避免疼痛出现，例如亮甲复方聚维酮碘搽剂这类外用抗真菌药物，其所含成分能够杀灭真菌、抑制甲下真菌的繁殖、消炎止痒，减轻甲部病变症状。
