囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，松果体区囊肿绝大多数为先天性的，是非肿瘤性的良性病变，与肿瘤有着本质的区别。2cm以下绝大多数无症状，无需手术，生长增大的机率很低。症状严重者考虑手术切除，效果好。
松果体细胞瘤大多数通过显微手术都能达到全切，所以预后相对原来已经有很大的提高。因为松果体细胞瘤虽然属于良性肿瘤，但是对放疗并不敏感，来源于松果体区的生殖细胞瘤或者松果体母细胞瘤，对放疗是非常敏感的。
松果体区的小型囊肿通常没有任何征兆，通常无需手术，但是需要经常进行检查。如果肿瘤体积增大，会对导管造成压力，导致阻塞性脑膜炎，可以行脑室-腹膜分流手术，以减轻其水肿。
此外，也可以在手术中应用松果体区囊肿-脑室造瘘术，对松果体区囊肿合并脑膜腔内窥镜下切除，既能减轻颅内水肿，也能消除病因，减少术后的并发症，效果良好。
囊肿一般考虑跟炎症有一定的关系，多数考虑是良性的，如果囊肿的尺寸不是很大，一般并不需要马上治疗，可以定期复查，如果囊肿的尺寸比较大，可以先采取保守治疗一段时间，如果没有改善的情况下再考虑手术处理。可以根据临床医生的医嘱，结合具体情况来针对性的对症治疗。
松果体囊肿如果没有任何不舒服，可以不用处理。如果出现头疼、恶心、呕吐、视物模糊等颅高压症状、眼睛上视不能、听力减退、步态不稳、协调能力差、尿崩症等症状，可以中药治疗，如果中药治疗效果不好，可以手术治疗，可以采取脑立体定向与激光纤维颅内松果体囊肿切除手术，也可以通过专家评估，看是否可以伽玛刀进行手术。
