恢复之后一般不会复发的，应该给孩子选择免疫调节剂以及抗病毒的药物，同时多喝水，保持室内空气的清洁度，治疗期间应该每天测量两次体温，如果体温超过38度的话，需要服用退烧药物对症治疗。
病程越长越易恶变，为此，肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等，只能起到控制感染、促进炎症消退的作用，却不能治肛瘘或使瘘管闭合，只有采用仪器手术疗法，才能治好肛瘘。
隔离期应该是从发病开始共两周。手足口病是由于感染肠道病毒引起的急性传染病，一年四季都可以发生，以夏季为多见，多发于五岁以下的儿童。成人少见，潜伏期二到十天，平均三到五天。
首先隔离患儿，接触者应注意消毒隔离，避免交叉感染；对症治疗，做好口腔护理。口腔内疱疹及溃疡严重者，用药物涂患处，也可将药调成糊状于饭后用棉签敷在溃疡面上；衣服、被褥要清洁，衣着要舒适、柔软，经常更换；剪短宝宝的指甲，必要时包裹宝宝双手，防止抓破皮疹。
小朋友喜欢咬手指，这不能诊断是手足口病，手足口病是口腔有溃疡，手心脚心出红色的点子。咬手指一是从小养成的一种习惯，再就是由于缺钙缺锌缺铁引起的，可以多补充些钙铁锌。注意饮食，多喝水，多吃蔬菜水果，少吃油炸食品，注意卫生，每天要用肥皂水清洗孩子的双手双脚，作息规律，保证充足的睡眠。