B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
B超发现卵巢囊肿，一定要医生当时明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的，b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。因为子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
早期巧克力囊肿的检查，妇科检查：双合诊、三合诊。腹腔镜检查：是目前临床上诊断卵巢巧克力囊肿效果的方法，影像学检查：阴道和腹部B型超声检查是鉴别卵巢子宫内膜异位囊肿的重要手段血清CA125测定。
一般巧克力囊肿，彩超检查下可有附或者卵巢囊肿，另外，会有下腹痛、痛经、性交不适、月经异常等相关的症状，妇科检查有触痛性结节等，需要综合判断，对症处理。如果症状明显、有生育要求等，需要对症处理。
巧克力囊肿是妇科内分泌临床最常见的一种疾病，可以到妇科内分泌进行挂号，但如果是专科医院，可以考虑去挂女性不孕科。而巧克力囊肿检查的好时期是在月经完全干净7天之内。
磁共振是不能检查出巧克力囊肿的，因为巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症引起的。巧克力囊肿会随着月经周期逐渐增大。小的巧克力囊肿一般没有明显的自觉症状，大的巧克力囊肿会出现病变相应部位的胀痛不适，腰部酸痛，痛经等。
