新生儿的消化道畸形主要是先天性肠狭窄和先天性肠闭锁，这种情况一般都是通过外科手术来治疗的。
外科治疗的原则就是要清除狭窄，按照狭窄的类型，可以分为肠腔狭窄和膜状狭窄，有些是因为肠外肿瘤压迫造成的。如有肝外压迫，应先排除压迫。如果有肠管狭窄，需要先切除肠管，再进行肠腔吻合。
建议在治疗期间多给新生儿补充营养，尽量母乳喂养。
治疗结肠狭窄没有特效药物，一般是手术治疗，及时去正规的大医院进行手术，这样比较安全，平时注意多喝水，不要吃辛辣刺激的食物，以免引起结肠炎，多运动经常按摩腹部。多吃蔬菜和水果。
一般情况下，先天性肠狭窄可能是胚胎期发育异常、血液循环障碍等原因引起的。具体内容如下：
1.胚胎期发育异常：如果胚胎发育阶段肠空化不全，可能会导致先天性肠狭窄
2.血液循环障碍：如果妊娠后期，胎儿发生肠扭转、肠套叠、索带样肠粘连或者脐环收缩过速等问题，影响某段小肠血运障碍，使肠管发生坏死或萎缩，也可能导致先天性肠狭窄。
吃药是没有效果的，只能通过手术治疗，而且手术治疗好之后是不影响身体健康的，只需要注意平时的饮食健康。具体治疗方案需要去正规的医院就诊，遵医嘱治疗。术后定期复查，饮食注意清淡。
多数考虑还是有肠道本身的病变，不能排除有肿瘤引起的，需要进行相关的肠镜检查来确定具体的原因，如果是特别严重或者是影响到消化排泄功能，也需要进行手术的治疗，单纯的保守治疗，往往效果并不是很好。