通常情况下，先天性的小脑畸形可以通过手术来治疗。
小脑扁桃体下疝畸形是先天性的，只有手术才能治疗。没有明显的临床表现或只有轻度头痛的病人，通常不需要进行任何的治疗。如果出现了明显的共济失调，比如走路不稳，或者是由于压迫、粘连所致的脑干、颅内神经损伤，就需要进行外科手术。手术方式以头后窝和颈髓减压为主，多数病人在术后症状有明显好转。
先天性脊柱畸形可以通过坐姿、佩戴矫形支具、外科矫形改善，建议患者积极治疗，具体分析如下：
先天性脊柱畸形有两种类型，一种是姿势性的，另一种是结构性的。坐姿、佩戴矫形支具、定期复查可以改善姿势性先天性脊柱畸形，如果在这个过程中畸形加重或矫形不满意，可以进行外科矫形。结构性先天性脊柱畸形指的是先天性椎体发育不良，比如楔形椎、半椎体，或者是未知的脊柱畸形，不能用支架来矫正，需通过手术治疗。
先天性颈椎畸形有一定的危险。
1.先天性颈椎畸形会造成颈部脊髓神经受压，造成肢体无力、疼痛、麻痹等症状，患者会出现肢体瘫痪，对患者的生活造成一定的负面影响。
2.先天性颈椎畸形还会引起椎动脉的走行方向的变化，会影响到大脑的血液供应，引起大脑的收缩，出现头晕恶心、胸闷心慌、走路不稳等症状。
3.先天性颈椎畸形在创伤后极易出现骨折和脱位，造成颈椎脊髓的损害，严重者甚至有可能威胁到患者的性命。
原发性癫痫的初发年龄不定，多在幼儿期和少年期起病，以典型大发作或典型小发作为临床表现。对于原发性癫痫能不能问题的讨论，应转移到如何进行科学专业的治疗，在临床上，不管是什么类型的癫痫，在接受正规专业治疗的癫痫病人，有80%的都得到了有效的控制，最终达到效果。
治疗先天性心脏病主要是通过手术的方法来进行治疗，但是取决于先天性心脏畸形的范围及程度。如果是简单轻微的畸形，如缺损直径小，则对血流动力学无明显影响，可以终身不需任何治疗。严重的先天性心脏病，在出生后手术治疗。
先天性多指畸形需要采取物理治疗和手术治疗。
对于先天多指畸形的儿童，在六个月之前，要注意对主指和多指相邻的手指进行适当的牵引和按摩，以确保主指的正常发育，如果超过了六个月，可以做多指切除手术，也可以做主指的整形手术。儿童在六个月后，手指的神经、血管、肌腱、结构比较清楚，可以采用多指切除，多指与主指各切除一部分，将两根手指合为一根手指。
