生殖器疱疹在治疗它的时候首先就要注意性伴有关情况。要进一步了解生殖器疱疹病人性伴或夫(妻)有无感染生殖器疱疹等性病，并进行全面检查，若发现相关疾病应同时进行治疗，防止交叉感染。如果双方都感染了生殖器疱疹而只对一方进行了相关的治疗，那么另外的一方的病情是不会得到治疗的。
泌尿外科或者正规医院的泌尿男科、男科都行。但是一定是正规的公立医院科室。男性生殖器即男性生殖系统，是男性生殖繁衍后代的器官。由内、外生殖器2个部分组成。外生殖器包括阴囊和阴茎；内生殖器包括生殖腺体（睾丸）、排精管道（附睾、输精管、射精管和尿道）以及附属腺体、精囊腺、前列腺和尿道球腺。男性生殖器到青春期时开始发育，发育成熟后即具有了生殖的功能。
生殖器瘙痒的主要病因主要包括以下几点：
包皮龟头炎、阴囊炎、阴囊湿疹、生殖器尖锐湿疣、生殖器疱疹等因素都有可能会导致生殖器痒。包皮龟头炎的炎症部位是包皮和龟头，也会出现瘙痒症状，阴囊的两侧阴囊瘙痒是因为炎症的原因。
并且患者患有阴囊湿疹还会引起局部瘙痒，如生殖器尖锐湿疣后期会瘙痒，而生殖器疱疹在出泡前和出泡后也会有瘙痒感。
生殖器带状疱疹是病毒感染引起的疾病，是水痘带状疱疹病毒感染导致，大多不传染，不必担心，注意身体卫生即可，平时注意饮食营养，如果有抵抗力低下，要及时治疗，抵抗力低下有出现感染疾病的可能。
小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
男性生殖器的常见疾病有龟头炎，包皮炎，前列腺炎，尿道炎，精囊炎，睾丸炎症异常疾病，可以到男性科做一下相关检查，明确诊断后再进行治疗，要注意休息，避免劳累，暂停性生活，不要吃辛辣的食物。