容易感染或产生并发症。胆管引流包括胆管内引流和胆管外引流。前者是通过放置支架或者进行胆肠吻合，可以引起胆道出血，胆道感染、急性胰腺炎等并发症。后者主要是通过经皮肝穿刺胆管引流或者胆总管切开T管引流。由于需要长期放置引流管，因此会造成相关的导管并发症。
胆管结石引起的急性梗阻性化脓性胆管炎，有时一期仅能行胆管引流术。不过在充分引流，病情平稳以后，可以考虑再次通过手术或者内镜方式取出结石，最终拔除胆道引流管。这时患者可以完全达到临床痊愈，生存期并不受影响。如果是胆管癌，胰头癌，壶腹周围癌晚期造成的梗阻性黄疸，这时很有可能已经无法进行手术切除肿瘤病灶，无法延长生存期，患者很有可能在术后的3-6个月内出现死亡。
腰大池引流术是将脑脊液经专用引流管一端置于腰大池中，另一端不断向外引流的一种术式，常用于治疗脑积水，蛛网膜下腔出血，颅内感染及动脉瘤破裂，能引流脑脊液以解除病人脑血管痉挛和解除脑积水。
然而在临床实际应用中，手术后可引起耐药条件致病菌重度感染，并且大多具有化脓性质，不但给神经功能带来很大损害，还可引起昏迷，高热等恶劣并发症。
肝脓肿穿刺引流术后可能会出现疼痛。
肝脓肿是一种由细菌在肝中增殖而成的脓洞，如果有必要，可以通过穿刺和引流术来缩小脓腔，以促进脓液的吸收。局部麻醉是一种常用的麻醉方法，有些病人会在手术中产生痛苦，但大多数病人都能承受。在很少的病例中，由于存在着肋间神经的干涉，病人无法承受这种痛苦，可以通过使用止痛药物来进行缓解。大多数轻度的痛苦是不用过于担心的，通常在一到两日内就会缓解。
腰大池引流术是通过一根特殊的引流管把腰大池中的脑脊液持续引流出体外的方法。在临床上用于治疗颅内感染、出血、腰椎蛛网膜下腔出血和颅底骨折脑脊液漏等疾病。
将引流管置入脑室给予脑室内血性脑脊液引流出体外是脑室外穿刺引流术，为了控制由脑积水等引起的急性颅内压的升高，通过脑室外穿刺引流术达到缓解颅内压的作用。
