进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
检查头部一般是做头部的影像学检查和电生理方面的检查，根据患者的病情不同而选择不同的检查方案。如患者出现头痛，头晕，肢体麻木、无力，可以做头部的CT、磁共振以及脑造影检查。
检查的方法是:禁食水8-10个小时，清晨先抽取静脉血查空腹血糖，然后75克葡萄糖稀释成300ml，在5分钟内喝完，服糖后1个小时及两小时查血糖。正常情况下，空腹以及服糖后1小时、2小时的血糖值分别低5.1mmol/L、10.0mmol/L、8.5mmol/L。任何一点血糖值达到或超过上述标准，即可以诊断为妊娠期糖尿病。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
血清免疫学标记：常用酶联免疫试验（ELISA)或放射免疫测定(RIA)法检测血清HDAg和抗-HD。急性HDV感染时HDAg仅在血中出现数日，随之出现抗-HDlgM，持续不间断时间也较短。协同感染HBV和HDVB寸，抗-HBr。IgM同时阳性，重叠感染HBV+HDV时，常表现为抗-HBcIgM阴性，抗-HDIgM和抗-HBcIgG阳性。慢性HDV感染时抗-HBclgM持续不间断升高。
