小儿凌晨咳嗽具体处理方式要看导致咳嗽的原因。
小儿咳嗽是很常见的，有的咳嗽时间段明显，有不分时间段，一天中任何时间段都可能咳嗽。若小儿凌晨咳嗽是喝水呛入气管导致的，轻拍背部咳嗽会慢慢缓解。若是房间空气过度干燥，给孩子适当喝点温开水咳嗽的症状也会缓解。另外常见的是呼吸道感染，加上夜间是小儿肺排毒时间，此时分泌物就会增加，针对这类咳嗽症状加重要进行适当的抗感染、止咳、化痰等治疗。
凌晨咳嗽有可能是由冷气刺激造成。如果是因为感冒引起的咳嗽，那么早晨起床后就会有冷空气进入气道或者是喉咙引起。最常见的是老慢支，也就是老人的支气管炎。其特征就是半夜咳嗽，因为慢性支气管炎一夜没睡，气道里面就会出现炎症，会分泌出分泌物。这种分泌物在半夜最多，而且还会有很多的唾液，在这种情况下，会引起更大的咳嗽。还有就是是支气管哮喘，咳嗽变异性哮喘的特征就是清晨咳嗽，这是由于清晨迷走神经的张力增加，导致气道收缩，导致咳嗽。
凌晨出现咳嗽的情状，很有可能是哮喘引起的，也就是咳嗽变异性哮喘，往往是由于气道高反应造成的。在夜间的时候，人体迷走神经容易发生兴奋的现象，导致支气管平滑肌痉挛，从而出现支气管收缩，容易诱发咳嗽的出现。
可以吃抗生素加上止咳化痰药物即可。如果是病毒感染为主，可以吃抗病毒药物和止咳化痰药。平时饮食要清淡饮食，避免高糖、高盐、高蛋白饮食，多食青菜、水果，有利于疾病的恢复。
一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
幼儿凌晨4点5点咳嗽需要明确是什么原因造成的，多考虑是因为存在了急性支气管炎或者是咽喉炎的问题，另外也会出现咳嗽变异性哮喘，多饮水，多吃具有滋阴性质的蔬菜水果如百合、银耳、雪梨等。