肛瘘假性愈合时，如果肛瘘形成的时间比较短，瘘管还没有完全成熟，应当及时将假性愈合的外口进行清理，通畅引流，以保证肛瘘内容物的通畅排出。如果肛瘘形成时间比较长，瘘管已经成熟，则应当积极进行瘘管的手术治疗，包括肛瘘挂线或者肛瘘切除术。
肛瘘一般可以通过肛门指诊或直肠镜检查就可以明确诊断，不需要做B超检查。是医生的肛门指检确诊的，做超声可以适当辅助，但是不能确诊，一般要100元左右。直肠指检，常在肛管后侧、齿线附近可摸到中心凹陷的小硬结，有轻微压痛，即是原发内口。
肛瘘手术后出院后不必换药，注意排便后坐浴消毒就可以，另外适当时间去复查一下，注意调理饮食，预防便秘和腹泻，调整生活规律。肛门直肠瘘，常发生与肛门部位，直肠部位少见，所以简称为肛瘘，大部分肛瘘是由于化脓性感染所致，少部分病人为结核性感染引起。
肛瘘手术后不久(一般是术后1~3个月内)发生假性愈合的情况是指瘘外口和瘘管表面的皮肤看上去已经愈合了，但里面的瘘管并没有愈合而且还和瘘内口相通联，这就还会在瘘管内形成脓肿，最终导致肛瘘复发。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
