可采用腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，或尾路肛门成形术等，根据闭锁部位的高低选择不同的手术方式。并且术后注意休息避免疲劳避免饮食上吃刺激性的食物，同时这种手术必须要到大型综合性医院进行治疗。
先天性肛门闭锁是比较常见的先天性消化道畸形，出生后无胎粪排出，一把需要手术治疗。手术方式可根据具体情况而定，手术需及早进行，可进行会阴肛门成形术，也可考虑先在腹部作人工肛门，然后再进行直肠肛门吻合。
先天性肛门闭锁是需要及时进行手术治疗的。手术方式需要依靠宝宝具体病情而定，部分患儿还需要进行几次手术才能完全康复，大部分患儿预后很好。宝宝小，应该好好护理，避免发生吐奶而导致窒息的情况，加强喂养，提供足够营养。平时可以吃一些清淡的食物，可以多吃一些水果蔬菜，有利于补充维生素。
先天性肛闭锁，是新生儿一种先天性发育性疾病，这种疾病可以采取手术治疗，只要通过手术治疗，就可以彻底解决，并不是很难解决的疾病。到正规医院进行检查，然后再做进一步的治疗。
儿童被诊断为先天性肛门闭锁，父母不应慌张，必须尽快手术，使粪便能排出体外，不影响儿童的生长发育，需到市级以上医院进行外科治疗。所以需要服从医生的治疗计划，积极配合治疗。
腹腔镜微创技术：应用于小儿肛门闭锁手术，可以避免瘘管残留及处理瘘管时留下金属碳夹。或腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术。根据病情选择不同的方法。
