有的是由于甲状腺发育不全，包括甲状腺缺失和异位，最常见的原因就是甲状腺激素生成的障碍，甲状腺素的补充，通常给予压碎的片剂，甲状腺溶液还有这种激素提取物。
新生儿早期发现有先天甲减，在治疗得当的情况下，一般是不严重的。
先天性甲状腺机能减退是一种较为普遍、较为严重的病症。因为这是一种智力障碍性病变，初期并没有什么特别的征兆，但是一旦有了这种病症，就无法逆转了。新生儿先天甲减可以通过药物治疗，让其恢复到原来的水平，但很难根治。先天性甲减一般都是由甲状腺的先天缺失、先天性甲状腺容积缩小等原因引起的，因此先天性甲减一般都是终生服用左甲状腺素钠。
先天性甲减也就是先天性甲状腺功能减低症，主要表现为体格生长障碍及精神发育迟滞。目前通过出生后足跟血的筛查，可以及早发现甲状腺功能低下，及时进行服用药物治疗并定期随访，防止疾病的进展，避免脑损伤、智力低下的出现，完全可以健康成长。有的孩子服用一定时间，通过定期复查，甲状腺功能恢复，可以停药。部分孩子需要终生服药，和正常人一样生活。
先天性的甲减是能治好的。因为部分的患儿较轻，出生以后经过一段时间治疗，甲状腺功能逐渐的恢复正常，激素用量逐渐的减小，最后停止用药。但是也需要定期的监测甲状腺功能，及时发现甲状腺功能的变化，还有一部分损伤较为严重的儿童，出现了先天性甲减，需要终身进行甲状腺激素的替代治疗，所以先天性甲减要根据患儿的情况来进行判断是否能够治好。
先天性甲减者可育，先天性甲减患者95%的人出生后看不到症状，因此若许多宝宝都伴随着反应迟钝、皮肤干燥等症状，不良的吸吮力和困倦的表现，要谨防有无先天性甲状腺功能减退症。
先天性甲状腺功能减退症是一种罕见疾病，主要表现为甲状腺体积增大或者出现结节和钙化等特征，并且这种病变容易被误诊为其他慢性炎症或肿瘤。可采用采足根血和静脉取血的方法，对甲状腺功能进行测试，检查婴儿有无先天性甲状腺功能减退症。如果确诊为先天性甲状腺功能减退症则应该及时进行手术切除甲状旁腺或者摘除双侧卵巢。患先天性甲减者，如不治，将严重影响病人智力和体格发育。
因此，必须及早尽早地进行处理，使病人甲状腺功能在正常值内，控制后甲减，对生育没有影响。
孕妇甲减可以导致胎儿甲状腺发育缺陷，也可造成胎儿死亡，最主要的是造成胎儿甲状腺激素减少。甲状腺激素是维持机体正常生长发育不可缺少的激素，胎儿的甲状腺功能在妊娠第12周开始建立，妊娠前半期胎儿大脑发育所需要的甲状腺激素完全或主要来自母体，孕妇的甲状腺素特别是对胎儿的脑的发育尤为重要。
