先天性肛门闭锁可以通过肛门成形术来治疗。现在大部分高位肛门闭锁都是通过切开骶尾部和腹部，将直肠盲端拉到会阴做人工肛门来直接进行的，但也有先在腹部进行人工肛门，当孩子长大后会在会阴进行肛门重建。在儿童专科医院进行全面检查后，邀请专家进行相应的手术，并配合医生进行护理。
无论是高位还是中位闭锁都需要进行手术治疗，这也是治疗的唯一途径，术后如果排便功能正常就代表手术成功。为了保证安全与效果，术后注意卫生，预防感染，注意规律、合理、清淡饮食，多吃水果和蔬菜，忌食辛辣、刺激、油腻、生冷的食物。增强体育锻炼，提升自己的免疫力。
肛周脓肿一般的是只要是有污染的情况就会导致局部的复发，导致瘙痒及化脓。及时去医院进行肛肠专科的检查，并行包囊的切除就可以的。术后以抗炎治疗为主，要保持清洁卫生，平时多吃有营养的食物来促进恢复的。同时要注意平地的休息时间，让宝宝多些休息，补充适当的维生素。
腹腔镜微创技术：应用于小儿肛门闭锁手术，可以避免瘘管残留及处理瘘管时留下金属碳夹。或腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术。根据病情选择不同的方法。
肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，确诊后应尽早行手术治疗，一般施行会阴肛门成形术，也可采用骶会阴肛门成形术，可以遗留肛门狭窄，建议定期扩肛。这是一种先天发育性畸形，应该不具有遗传性，除非有家族性的遗传病史。
