肾结石的治疗要根据结石的大小、位置来选择。对于6mm以下结石可以尝试口服排石药物；6mm到10mm的结石可以选择体外冲击波碎石治疗；10mm到20mm的结石可以选择输尿管软镜钬激光碎石治疗；20mm以上的结石软镜碎石效率太低，目前主要推荐经皮肾镜钬激光碎石，对于部分复杂的完全鹿角型结石也可以选择肾切开或肾盂切开取石，但是相应的手术创伤会明显增加。
一般情况下，肾结石的治疗可根据结石大小，选用药物或体外冲击波碎石及手术等方式进行治疗。具体分析如下：
1.直径6毫米以内的肾结石：患者可在专业医师建议下，遵医嘱，口服排石颗粒，多饮水勤排尿，通过跳绳等运动来促进结石排出体外。
2.直径6毫米以上2厘米以内的肾结石：此类患者建议通过行体外冲击波碎石等方式进行治疗。
3.2cm以上，或质地较硬的肾结石：可以选用经皮肾镜碎石取石手术进行治疗。
结石较小，在肾盂自由活动的，可以多饮水，作蹦跳活动，多能自行排出。如果结石坎顿在某个肾盏，对肾功能没有影响，可以不用处理。结石较大，并坎顿在肾盂输尿管连接部，伴有肾积水的，可选择体外碎石治疗、输尿管软镜碎石清石术、经皮肾镜碎石术。肾脏的铸形结石，则需要经皮肾镜碎石清石术手术治疗。
去除牙结石最有效的方法是牙周洁治，是通过超声振动将牙结石从牙齿上震下来。不过如果牙结石的位置较深的，洁治以后大约一周还需要刮治，是医生手动器械刮出龈下牙石，龈下牙石的危害要大于龈上牙石。所以去除牙结石要仔细检查，去除干净，而且需要专业手法，避免将牙结石推向牙龈深部引起牙周脓肿。
排肾结石最好的方法需要根据结石的大小以及部位进行确定。结石的措施有非手术治疗及手术治疗，较小的结石（小于0.6cm）可采用解除疼痛及促进结石排出的药物进行非手术治疗，小于0.4cm的结石绝大部分能自行排出.较大的输尿管上段结石或者肾结石可采用经皮肾镜碎石取石术或者体外冲击波碎石。如果发了癌变，需要做半侧泌尿系切除。
中药可以治疗胆结石，中医在治疗胆结石时，会根据患者病情进行辨证论治。中医认为导致胆结石的原因可能是湿热、也可能是血瘀导致。一般由肝胆湿热导致的肝结石较多，中医常用龙胆泻肝汤来治疗由肝胆湿热导致的胆结石，且龙胆泻肝汤的疗效很不错。
