糖类抗原在临床上是肿瘤标志物的一种类型。当糖类抗原数值高时，要考虑恶性肿瘤复发和转移的可能。应当注意的是，糖类抗原升高并不一定代表存在恶性肿瘤，某些良性疾病还可以引起糖类抗原的升高。还需要根据体征和影像学检查来进一步判断。
糖类抗原242是一种唾液酸化的糖类抗原，也是目前常用的一种肿瘤标志物。糖类抗原242主要用于诊断消化系统恶性肿瘤，尤其是胰腺癌、胆囊癌、结直肠癌等。与传统的CA19-9、CA50相比，灵敏度和特异性更高，不容易受到肝功能以及胆汁淤积的影响。糖类抗原242的正常值小于20IU/ML，当糖类抗原242的测定值超过正常值三倍以上时，就是高危的因素。
这可能是肿瘤引起的。糖类抗原主要是一种粘蛋白型的糖类蛋白肿瘤的标志物，是细胞膜上的糖脂质，主要分布于正常胎儿的一些胆囊、肝、肠和正常成年人的一些胆管上皮等处。同时也存在于血液循环的胃肠道肿瘤相关抗原。所以体检的时候，糖类抗原如果是偏高，可由炎症引起，但大多数都是由于肿瘤所引起的。
CA125是一种来源于胚胎体腔上皮的糖蛋白，升高多见于上皮性卵巢肿瘤的患者，但对于卵巢肿瘤的诊断，它的特异性却不高，在结核性腹膜炎的患者中，CA125也可升高至数十倍，所以单纯CA125的升高并不可以诊断为卵巢肿瘤，可以用B超进行辅助检查。
可能是得了乳腺癌，糖类抗原153是乳腺癌主要的肿瘤标志物，针对乳腺恶性肿瘤特异性和敏感性均较高。在临床上，如果患者出现糖类抗原153明显升高，应该警惕乳腺癌的发生。患者应该立即行乳腺彩超检查排查乳腺肿瘤，发现肿瘤的患者及时进行手术切除。
CA199是一种糖蛋白，属于肿瘤的标志物，所以高度怀疑患有胰腺癌时，作为首选检查项目。患有其他消化道肿瘤时，CA199也升高，如肝癌、胆管癌、胃癌、结肠癌、直肠癌等，但其特异性没有胰腺癌的高。但并不是说CA199高就得了癌症，有时在某些非癌症的疾病的时候，也会引起CA199的升高，这种升高大多是轻度升高，如慢性胰腺炎、肝脏功能衰竭时、胆结石、肾功能不全时，有时CA199呈一过性或轻度升高。
