没有办法实施手术治疗，因此只能采用放疗和化疗的方式来进行治疗，同时可以配合使用伽马刀进行治疗，但是效果一般。发生了脑干部位胶质瘤的话，治疗的难度还是比较大的，因为这个部位相对来说比较危险，而且容易诱发比较严重的脑水肿的发生。
脑干胶质瘤一般不能治好。
脑干的神经胶质瘤是世界上最棘手的疾病之一，到现在为止还没有人可以治愈。它的特殊疗法，叫做肿瘤周边放射疗法，叫做脑干神经胶质瘤。脑干是不能进行手术切除的，需要先将头盖骨剖开，再靠近脑干的脑胶质瘤，再将其放入一个小囊中，然后在肿瘤周围注射碘125和碘131。利用放射性核素消除癌细胞是最有效、最环保、最具生物活性的疗法。
脑干是一种神经胶质瘤，它是一种生长在脑干上的肿瘤，而脑干是人体最基础的器官。大脑中有许多重要的神经中枢，这些神经中枢负责眼睛的运动，听力，舌头的运动，说话，吞咽，心跳，呼吸，这些最基础的生活活动。如果是在这里生长了神经胶质瘤，则会导致相应的核团受损，表现为：眼球运动不良，无法低头，口腔会扭曲，饮水会被噎住。如果病情比较严重，还会出现站立不稳，吃饭都不能自理。因为它的位置比较危险，所以我们的处理起来比较麻烦，难度比较大。
引起脑干胶质瘤的因素，可能在后期逐渐增生分化繁殖，形成脑干的胶质瘤。其他的病因比如长期放射线照射，或长期服用不良药物，以及长期不良的生活习惯，都可能会逐渐产生细菌、病毒等入侵脑干，造成脑干胶质瘤，所以要根据情况进行具体判断，积极进行相应的治疗。
通常情况下，小儿脑干胶质瘤发病没有明显的病原，其本质均属胶质瘤，以星形细胞瘤和多形胶质母细胞瘤为主，少数是以节状胶质瘤及室管膜瘤为主，在脑干上段以低度或恶性星形细胞瘤为主，而在脑干下段，以胶质母细胞瘤为主。大部分的脑干胶质瘤发生在中脑延髓区，边缘清晰，无浸润，无水肿，病理上可分为毛细胞性、纤维性星型、或少见的节状胶质瘤。局部脑干胶质瘤多见于桥脑区，利用MRI进行神经导航和神经电生理学的监控，可以有效地减少病人的神经功能损失。
儿童脑干胶质瘤的常见部位是桥脑等脑干的部位，是一种恶性肿瘤，预后比较差。如果能在早期及早手术切除，有可能治愈。对于出现头痛、行走不稳等异常的患儿，要及时到医院就诊，争取早发现、早治疗。
如肿瘤偏向一侧时，可部分切除；如颅压高时，可切除小脑外侧或去除骨干以降低颅压；如脑积水时，可进行分流手术来治疗疾病。