一般情况下，如果孕囊比较大或女性子宫收缩乏力，可能导致药物流产流不干净。
通常，药物流产在3天的时间里吃米非司酮片以及米索前列醇片来终止妊娠。如果孕囊比较大、女性子宫收缩乏力，有一定的可能导致药物流产流不干净。服用药物后，女性需要再配合生化颗粒、益母草颗粒等活血祛瘀的药物进行调经处理，从而促进宫腔妊娠物排干净。在药物流产后的两周应该复查B超，如果宫腔残留物比较多，需要尽早清宫处理。
药流不干净后清宫是会疼痛的：
无论是人工流产的刮宫还是药流的清宫都是挺疼的，因为要用负压吸宫去吸子宫腔里的东西，但现在有无痛技术，当药流流不干净而做清宫时，也可以在静脉全麻下做清宫，这样能减少疼痛。
日常生活中，建议清宫后的女性注意保暖，不要吹冷风、碰凉水，并且注意保持外阴部清洁卫生，每天用温开水清洗1-2次以防止感染。
流产不干净的症状需要分情况来看，如果是药物流产不干净，主要的症状是会有持续的阴道出血，出血量会比较多，同时会伴有腹部的阵发性疼痛。患者需要进行彩超检查，能够看到宫腔内有残留组织淤积。如果是人工流产不干净，主要表现为阴道出血，出血量可能较少，出血淋漓不尽，具有持续性。无论是药流不全还是人流不全，患者都应当及时就医，进行清宫手术，避免感染。
会因长期淋漓不尽的出血，而导致宫内感染的危险。药流如果不彻底，可以引起腹痛，阴道流血，月经不调等症状，药流没流干净会导致再次怀孕，还得做第二次人流，对身体造成的伤害也很大，遗留在子宫内会造成感染、大出血、不孕等严重的后果，严重威胁生殖器健康。会导致宫内感染、盆腔炎、附件炎、输卵管炎合并堵塞、不孕不育等。建议在药流后10天左右，去医院，根据B超检查情况而决定处理方式，如果残留物比较小的话，可以不用清宫处理，给予口服生化颗粒。
一般情况下，药物流产后流不干净，做清宫手术是会疼的，属于正常的反应。
清宫手术的疼痛感主要是清宫时扩张宫腔带来的，在医疗器械进入宫腔内的刮宫过程也会疼痛，因此药物流产后流不干净，做清宫手术是会疼的。在采用无痛的清宫手术后，麻药药效过后，也会有轻微的疼痛感，但是一般在可以承受的范围内。
日常生活中女性要注意多休息，坚持清淡饮食，不要吃辛辣、刺激的食物，有利于病情的恢复。
一般来说，药物流产后一星期之内就会出现出血，如果继续出血，需要及时的检查有没有子宫残余。通常B超检查可以确定宫腔中有没有残余，如果确有残余，患者可以在医生的指导下服用益母草胶囊促进子宫收缩的药物。如果是服用药物治疗无效或者是阴道出血的情况下，需要进行清宫。B超显示有内膜增厚，可以先服用一些药物来抑制子宫内膜的增殖，再停止药物导致的撤退性出血。
此外，建议患者在医生的指导下进行药物流产，以免出现不良症状。
