如果直径大于5cm或者伴有明显的腰区胀痛、坠胀等，可以治疗。现在多采用经腹腔镜囊肿去顶术，手术创伤小，恢复快，效果好。也可以采用彩超引导下囊肿穿刺抽液，注入硬化剂治疗，但复发的机会比较大，现在常常用于不能耐受手术，年龄比较大，体弱者。肾囊肿药物治疗是无效的。如果肾囊肿伴有钙化，更应该及时到泌尿外科就诊。
如果囊肿比较小可以不做特殊处理，但是需要防止囊肿引起感染，定期复查彩超了解囊肿大小变化。如果囊肿增大，直径大于4cm，对肾盂，输尿管造成压迫，或者伴有持续腰部胀痛影响正常生活，就需要做出相应处理。主要的方法有彩超引导下囊肿穿刺抽液，开放手术囊肿去顶减压，后腹腔镜下囊肿去顶减压等。
可以通过服用利水渗湿祛湿的药物来治疗，如果肾囊肿比较小是可以起到一定的效果的。中医认为本病多是由于肾精不足、痰瘀阻滞、脉络不畅所致。平时饮食宜清淡，注意防寒保暖，避免过度劳累。
肾囊肿较小的一般无需治疗，单纯性肾囊肿对周围组织和肾功能影响不大，无需特别关注，若囊肿直径超过10厘米，则要进行手术切除，通过腹腔镜的方法，可对肾囊肿进行去顶，通过释放囊液，达到治疗效果。饮食上要补充高纤维，高维生素的食物，如玉米，小麦等，多吃新鲜的水果蔬菜，戒烟戒酒，不要吃辣椒，海鲜，油炸性食品。
肾囊肿是肾脏良性病变，具体原因不明，可能与肾小管憩室有关，随着年龄的增长，囊肿可以持续增大。当囊肿增大以后，可以压迫肾脏及周围组织，引起腰酸、腰部不适等症状。囊肿大于4cm，可以考虑手术治疗。最主要的手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶减压术，手术效果良好。如果囊肿在4cm以下，可以定期复查，暂不需要手术。
