慢性骨髓炎的治疗主要是将病灶完全切除。慢性骨髓炎是一种慢性的骨髓炎，随着病情的发展，病情会越来越严重甚至会出现窦道，窦道渗出的时间越长，越难愈合。窦道通常会通到顽固的病变，这是不愈合的原因。治疗上要先确定顽固性性病灶的位置，一般可以做鼻窦造影、磁共振检查等检查。在确定了病变的位置和病原之后，再根据病理变化来确定合适的外科治疗方案。如果能把顽固的病变切除，再用人造骨粉和抗生素填满，大部分都能痊愈。
可以通过以下方法治疗慢性骨髓炎：
1、将病变组织完整切除。
2、控制感染，将感染病原体彻底清除。
3、病灶清掉以后，局部组织出现缺损，后期需采用各种方法进行修复，如采取骨延长方法修复骨缺损，皮瓣或软组织牵张修复皮肤软组织缺损。
日常过程中患者应注意提高自我抵抗力，保护患侧肢体避免再次受伤，并及时观察切口情况。
慢性骨髓炎主要是在骨髓炎急性期没有经过及时、积极的治疗，从而形成的骨髓腔慢性炎症反应。慢性骨髓炎属于急性化脓性骨髓炎的一种持续疾病，临床上一般都比较轻，一般都是低烧等，只是局部引流不通，才会出现全身症状，局部有红、肿、热、痛，局部有一条或多条窦道，窦道内有脓水或坏死的骨头，窦道周边的皮肤呈现灰色，有少量的结痂。
采用手术、药物综合的疗法，即改善全身的症状，控制感染和手术处理相配合。对于重病长期卧床，尤其在血源性急性发作以后，急需改善全身状况，除了用抗菌药物控制感染以外，还要增进营养，必要时需要输血、手术引流及其他的治疗。
对于慢性骨髓炎，常常是由急性骨髓炎转移过来的。首先要积极的选择敏感的抗生素抗感染治疗，严格卧床休息，患肢制动，必要时进行石膏固定。同时还要积极的加强全身的营养，防止恶病质的发生。如果局部脓液形成，需要积极的切开引流。如果局部有刺股进程，需要进行手术治疗，手术的方法有病灶清除开放引流术，同时对病骨进行切除，如果功能完全丧失，感染不能控制，需要截肢治疗。
骨髓炎脚趾截肢手术治后不一定会复发。
个月不复发其再复发的几率比较低。慢性骨髓炎治疗以后，如果6个月不复发其再复发的几率也比较低，但是有些骨髓炎也可能几年或者十几年不复发，但是并不等于不会复发。骨髓炎的病人不能饮酒，不能吃辛辣刺激性的食物，比如生姜、生葱、生蒜等。酒对骨髓炎复发比较不好，有骨髓炎的病人应该终身禁止饮酒。
