长期服用羟基脲片的副作用主要是骨髓抑制，但为剂量限制性的毒性，导致白细胞和血小板减少，停药后，血细胞可自行恢复，还会有胃肠道反应，长期大量使用该药物，对肝脏、肾脏有损害，会有恶心，呕吐等不适症状，致睾丸萎缩和致畸胎的副作用，偶尔还会有中枢神经系统症状，脱发，药物性发热。
目前血小板增多症治疗的目的是治疗和预防血栓合并症。血小板计数应该控制在600乘以109以下，理想的数目是控制在400乘以109以下。临床上一线应用的降细胞药物是羟基脲片，治疗血小板增多症，8周内，大多数的患者血小板可降至500乘以109以下。
长期服用可能会抑制患者的免疫功能，会对身体有一定的影响，出现骨髓抑制的情况。会导致白细胞和血小板减少，对胃肠道功能也有一定的刺激作用，会导致脱发等等症状的发生。
羟基脲属于处方药物，一定要规范用药，不坏处可能出现皮肤血管毒性反应（血管坏死和血管溃疡），如果长期服用羟基脲出现血管坏死或溃疡，一定要立即停用。需不需要继续吃，需要综合全身的情况和血常规的情况来处理的。
羟基脲片可以长期服用，因为羟基脲是一种口服类化疗药物，主要应用于各种骨髓增生性疾病的治疗，如慢性粒细胞性白血病，真性红细胞增多症，原发性血小板增多症等。通过服用羟基脲，可以有效的降低外周血中血细胞的数量，并且服用方便，病人容易接受。
如何正确处理环磷酰胺，有赖于严格掌握适应症，严密观察各种毒副作用。环磷酰胺(CTX)在结缔组织病如狼疮性肾炎、系统性血管炎的治疗中作用显著，但要注意监测毒副作用。
