一般情况下，小孩做脑CT和核磁共振有一定伤害，但是伤害较小。
小孩做脑CT，通常有一定的辐射损小孩的全身影响是比较小的，因为一次脑CT受到的辐射量通常是有限的，只要不是多次进行，一般不会造成较大的伤害。而核磁共振对于孩子的伤害则相对更小，因为核磁共振的成像一般和射线没有较为明显的关系，因次，也不会对小孩造成较为明显的辐射性损伤。
CT和磁共振在不同的检查部位各有自己的优势。在中枢神经系统方面，核磁共振的诊断价值总体来说优于CT。在头颈部检查中，副鼻窦、乳突CT优于核磁共振，口咽、鼻咽、喉咽检查中，核磁共振优于CT。在胸部、纵膈检查中，CT明显优于磁共振。
腰疼拍CT还是核磁共振，需要根据具体情况来定：
第一种是腰椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰椎压缩性骨折等疾病，可以采用CT扫描来明确诊断。第二，腰椎核磁检查的主要适用于高位腰椎间盘突出，以及多节段的腰椎间盘突出，一般CT不能完全反映腰椎的突出情况。所以当腰椎突出范围很大的时候，最好做核磁共振检查。另外，腰椎血管瘤、原发性腰椎、继发恶性等疾病，需要进行MRI检查，以明确病变存在部位、骨质破坏的情况。
脑ct和核磁共振的区别，主要是这两种检查方法的原理是不同的。脑ct主要是通过x线的照射，通过人体不同部位，不同组织的吸收后，有探测器回收信息，然后通过一系列的数模转换，最后由电脑重建得出图像。核磁共振是利用人体内含有的大量水份，将水中的氢离子重新排列，分析不同组织内氢离子的不同排列形态，形成磁敏感成像。
ct对人体的辐射，自然是最大的。ct是利用X光X线进行CT检查，然后通过电脑进行综合比较，得到的结果。一般的ct检查，相当于几次或几十次的x光照射，因此，如无特别需要，不宜频繁的ct。而核磁共振仪则是将人体内的电磁波信号收集起来，然后用影像来显示。目前还没有相关的医学记录来证明电磁对人体的伤害。
头颅ct检查一般是根据病变部位的形态来确诊，而MRI则是根据病变的类型来进行鉴别和确诊。某些疾病在ct上没有明显的表现，但是在MRI检查中会发现。如患者是初期的脑初血，则有临床表现，但ct检查无显著病变，可以通过MRI可以确定病变的位置和出血的程度。因此，需要根据病人的具体情况来进行检查。建议患者及时去医院就诊，根据自身情况，选择合适的检查。