骨髓炎的治疗方法有药物治疗和手术治疗。药物治疗如左氧氟沙星等。手术治疗又可分为穿刺吸引术、开窗引流术、带蒂肌肉瓣充填术以及截肢术。如果是骨髓炎的急性发作，可以使用一些抗生素来治疗，局部关节疼痛时可以使用止痛消炎的药物。骨髓炎的病人如果有严重的脓肿，可以住院进行局部切开引流，主要是钻孔引流术和开窗减压，术后还要进行患肢功能锻炼，在康复初期要注意控制运动强度，以免发生骨折。
骨髓炎要治的方法有：穿刺吸引术为减轻骨髓腔压力，防止炎症在骨髓腔上下扩散，对病灶处可进行穿刺吸引，同时还可向腔内注入抗生素。大块病骨切除术，一般适用慢性血源性骨髓炎，病骨已明显硬化，或局部瘢痕多，久治不愈，某些不负重也无重要功能的慢性骨髓炎患者。
大多骨髓炎通过科学治疗是能治愈的，具体治疗情况要看骨髓炎分型，例如急性骨髓炎，通过积极的治疗，大部分急性骨髓炎可以治愈。但如果迁延成慢性骨髓炎，治疗时间较长，可能几年或几十年，彻底治愈较困难。
骨髓炎不是太好治，当身体免疫力低下时，细菌经血液循环运行到骨组织内，并停留在骨骼组织发生感染病灶，导致发生骨髓炎。如果确诊为骨髓炎，应该及时抗菌药物静点治疗，控制病情发展。
药物治疗，在早期，局部已经出现红肿热痛，要积极给予抗生素类的药进行输液，局部可以用药物外敷消肿止疼，配合中药，清热解毒，消肿止疼的药物内服和外用；截肢术，适用于一肢多处骨髓炎，合并多数窦道，久治不愈或因慢性炎症长期刺激局部皮肤发生恶变者。
