人类乳头瘤病毒的药物一般分为外用药物和内服药物。
1、外用药物：人类乳头瘤病毒的患者可以在医生指导下外用鬼臼毒素酊，咪喹莫特乳膏，氟尿嘧啶软膏等药物进行治疗。
2、口服药物：人类乳头瘤病毒混者可以遵医嘱服用清热解毒片、苦参片、阿昔洛韦片、利巴韦林片等药物进行抗病毒治疗。
HPV16是指（HPV）人乳头瘤病毒16型。HPV有多种类型，其中低危型HPV感染，主要引起生殖器疣（俗称菜花），而高危型HPV感染则引起生殖器癌和子宫颈癌上皮细胞病变，此病毒为生殖器癌和子宫颈癌前细胞病毒的开端。HPV16属于高危型，低危HPV11病毒会导致尖锐湿疣，高危长期感染可能与女性宫颈癌的发生有关。
乳头瘤病毒39型阳性，说明感染了；目前没有特效的抗病毒药物，治疗必须采用综合治疗。提高机体免疫力，应用抗病药物。一般只要坚持规则的综合治疗都可治。还有手术疗法、冷冻疗法、激光治疗、电灼治疗、微波治疗、微波手术治疗等。
人类乳头瘤病毒感染属于病毒感染的情况。如果出现在皮肤表面，属于寻常疣；如果是出现生殖器或口腔等位置，则属于性病的一种。人类乳头瘤病毒感染需要引起重视，进一步到皮肤科处理，以免诱发疣体变大增多等问题。
在平时生活中预防感染人类乳头状瘤病毒，首先应该切断高危不洁性接触传播途径。在性生活时正确使用避孕套可降低高危型病毒的传播概率。临床研究明显示，经常使用避孕套的男性患上生殖疣的机会比偶尔使用的男性更少。其次，夫妻之间保持忠贞态度，并落实到行为上，也是很好的预防感染方法。在感染没有前坚决不要有性行为。
保妇康栓对人乳头瘤病毒转阴有一定的作用，保妇康栓是中药，就是清热解毒、活血化瘀。人乳头瘤病毒感染从中医的角度来讲就属于邪毒感染，使用保妇康栓正好对症。但是保妇康栓对于人乳头瘤病毒感染只是起到一种辅助的治疗作用，连续使用3到6个月。
