肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。
中药渗透的中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，使得囊直至不再分泌；手术治疗，可以减轻囊肿对肾脏的压迫，恢复肾功能，避免进一步的损伤。
肾脓肿是否严重，需要根据泌尿系彩超或者泌尿系ct和的全身症状来进行综合判断。如果有严重发烧、寒战，说明脓肿播散甚至引起菌血症或者毒血症以及通过ct判断脓肿的位置大小。
穿刺疗法，可实行穿针刺疗法，从皮肤刺入囊肿，吸出囊液，暂时性减轻疼痛；腹腔镜进行手术，仅需在腰部打三个小孔，建立腔镜通道，用腔镜进行手术，具有创伤小、术后恢复快等优点。
医好肾脓肿在1万-3万元左右，根据不同的医院，收费标准不一样，患者的病情不一样，治疗方法也是会有差别的。脏囊肿如果有明显的这种临床表现，是要进行手术治疗的，现在基本上都是经皮肾镜的一种微创手术治疗，治疗的费用大概在3万元。建议患者到专业的泌尿外科进行诊断，在医生的指导下才能选择不同的治疗方式。