小结石可以用刮匙或者钳子取出，个别的可用负压吸引取出。比较大的结石，可在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止坠入呼吸道。如果结石刺激引起周围的炎症，可以口服消炎类药物局部治疗。对于顽固性的扁桃体结石，保守效果不好，可以行扁桃体切除术。
扁桃体结石如果张嘴可以明显看到，可以用镊子夹出来，可以到耳鼻咽喉科门诊去取出来的，在耳鼻咽喉科门诊有专门的工具。大部分人都可以取出来的。如果取不出来或者有出血的，就不要盲目去取。就需要通过手术切除扁桃体，才能治疗扁桃体结石的。平时也需要注意保养，尽量避免吃辛辣刺激食物，注意口腔卫生，饭后注意漱口，也可以预防作用。
扁桃体结石不能自愈。扁桃体结石如果不加以治疗只会越长越大，不可能会在不做治疗的症状下自行愈合，所以如果患上扁桃体结石一定要积极配合医生治疗，扁桃体结石不是特别难以治疗的疾病，但是如果长期不治疗，也会使结石越长越大。
可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
对于小的扁桃体结石在平时多吃清淡饮食，在饭前、饭后一定要漱口，如果症状不是很明显，就可以饮食注意，注意漱口。如果结石反复引起周围炎症，此时可以考虑用消炎药物局部治疗。如果出现的结石不能通过普通漱口取出，可以用钳子将其取出。如果是比较大的结石，可以考虑在表面麻醉下切开黏膜将结石取出。如果反复出现结石不能完全消除，只能进行扁桃体切除手术。
长期扁桃体结石会使病人感到不适或疼痛。结石的成分中含有大量的磺胺类物质同时携带大量细菌，当结石破碎时会散发出类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，产生令慢性口臭。
