小结石可以用刮匙或者钳子取出，个别的可用负压吸引取出。比较大的结石，可在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止坠入呼吸道。如果结石刺激引起周围的炎症，可以口服消炎类药物局部治疗。对于顽固性的扁桃体结石，保守效果不好，可以行扁桃体切除术。
扁桃体结石的常见原因一扁桃体本身结构问题，扁桃体本身粗糙凹凸不平，这样的构造就容易造成食物小碎屑的堆积，时间长了就会造成食物细菌.繁衍形成结石。扁桃体有炎症，本身扁桃体就凹凸不平，如果发炎的话，不注意清洁，就容易造成钙铁钠等元素形成结石。
扁桃体结石需使用手术处理治疗。需要到医院完善检查，明确病因病情，给予针对性治疗处理。生活中注意个人卫生清洁，合理饮食清淡，避免辛辣刺激食物，补充维生素微量元素等，在医师指导下选择好的手术治疗方案。
如果扁桃体结石比较小，可以用镊子或刮齿就能够自行取出。如果结石比较大比较深就需要局部切开，然后让医生取出。如果反复发作比较顽固的情况下需要直接手术切除扁桃体。扁桃体结石一般位于扁桃体窝内。成年人扁桃体上凹凸不平有很多瘢痕，食物残渣以及细菌就会繁殖从而出现结石。会出现口腔内异味、疼痛等情况，饮食上要清淡，饭后漱口。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。