头孢氨苄是第一代头孢菌素，主要作用于需氧的革兰氏菌如肺炎链球菌，头孢克肟是第三代头孢菌素，能够治疗对头孢克肟敏感的菌所致的轻度到中度的感染，如肺炎链球菌，淋球菌，大肠杆菌等。
两种药有不同的适用方向。阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好如肺炎等。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按模型体现出主要的治疗效果。
头孢克肟胶囊是可以治疗前列腺炎的，细菌性前列腺炎症多为革兰氏阴性杆菌，如大肠杆菌等感染引起，此药物对此类细菌有效，不过奎洛酮类药物可能更好，更容易穿透前列腺。前列腺炎的病因复杂，特别是慢性前列腺炎症，症状表现不一，病因隐晦，确诊困难，且药物难以抵达病灶，容易导致前列腺疾病久治不愈反复发作。采用中西医药物结合治疗和物理治疗相配合的治疗方法，可以取得满意的临床效果。
这种药物服用过量的副作用可发生哮喘、眩晕、耳鸣、出汗、皮肤粘膜红斑、水疱、烧灼感、疼痛，还有的表现为溶血性贫血、血小板减少、点状出血、紫斑、血红蛋白尿等。如果出现腹痛，反复的腹泻应立即停止给药，并采取适当的处置措施。
头孢克肟与头孢丙烯都属于头孢类药物，其抗菌谱相似，所以作用也是相似的。可用于上呼吸道感染，下呼吸道感染，皮肤及软组织感染等疾病的治疗。两种消炎药不可以同时吃，头孢克肟是可以代替丙烯治疗扁桃体炎的。
