一般情况下，引起儿童矮小症原因如下：
一是由于骨骼发育疾病、性早熟、骨代谢病、染色体相关疾病、生长激素缺乏症、侏儒病、先天性甲减、宫内发育迟缓引起的矮小症。第二种是短期矮小症，主要是心理因素造成的，其次是后天营养不良，蛋白质摄取不足，长期睡眠质量不能保证也会抑制生长激素分泌，从而导致矮小症，发现之后应尽早治疗。
矮小症是基因、家族因素等原因引起的，需要使用药物进行治疗。
身高矮小的原因有很多，包括基因、家族因素、出生时的体重和身长、营养和疾病、某些内分泌疾病。生长激素缺乏或分泌不足，会导致儿童身高无法正常发育，比同龄儿童的身高要低，这是导致生长激素缺乏的主要因素。在进行生长激素治疗的基础上，要注意改善孩子的偏食等不良生活习惯，注意营养均衡，及时补充营养，保证充足的睡眠，有利于孩子的身高发育。
矮小症是因疾病或遗传导致的生长发育不完全的症状，主要分为生理性原因和病理性原因。
矮小的原因包括生长因子不足、营养不足、甲状腺机能减退、先天软骨生长异常、特纳综合症、先天垂体畸形等。对于某些脑部的肿瘤，要进行相关的检查。也可能是由于特发性的矮小或者家族性的矮小，或者是青少年的生长滞后。特发性的矮，指的是无法解释的矮个子。
生长激素缺乏症；家族性矮身材；体质性青春期延迟；先天性卵巢发育不全；先天性甲状腺功能减低；骨骼发育障碍，如各种骨软骨发育不全等；其他内分泌代谢病引起的生长落后，先天性肾上腺皮质增生，性早熟，皮质醇增多症，糖原累积症，粘多糖病等。
一般情况下，矮小症有以下病因。
1、宫内发育迟缓：孕期低体重、严重呕吐、严重感染等原因容易导致营养不良，从而出现矮小症的情况。
2、内分泌激素分泌异常：生长激素缺乏、糖皮质激素过多、甲状腺功能减退等原因容易引起内分泌激素分泌异常，从而出现矮小症的情况。
3、染色体异常：矮小症还可能是染色体异常引起的，这通常与染色体遗传性疾病有关。
4、慢性系统性疾病：患有先天性心脏病、慢性肝炎、肾小管酸中毒、慢性肾炎、肠道功能紊乱等疾病也可能引起矮小症的发生。
5、骨和软骨发育不良：骨和软骨发育不良通常也有可能导致矮小症。
