会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
还是有怀孕的可能性的，注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
女性病人有巧克力囊肿，经常出现痛经。可以治好病后再备孕。囊肿较小可以采取保守治疗的方式，常用药物治疗，如果药物治疗不是很理想，可以手术治疗比较好一些。治疗期间注意放松精神，多注意休息。不要熬夜，注意局部的卫生。
巧克力囊肿是盆腔包块的一种，是异位的子宫内膜，就是子宫内膜异位症，子宫内膜异位症可以引起月经的紊乱，卵巢排卵的异常，所以可以影响生育，导致不孕。随着月经周期的变化出血，形成囊肿，因为囊肿的内容物是咖啡色巧克力状，所以称巧克力囊肿。
