卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
腱鞘囊肿治疗方法有手术与非手术治疗两种，在这些腱鞘囊肿中，有一小部分病人可自行消退，但是有些病人在经过各种治疗后仍复发，非手术治疗和保守治疗的复发率比较高，但是这类方法的创伤最小，容易为病人所接受，临床可作首选治疗。
可经挤压致使腱鞘囊肿断裂而渐渐自行吸收，但在治疗之后，可反复发作，连接关节腔不易断裂，可通过穿刺将囊液拔出，再加压按压或拔出囊液，送入肾上腺皮质激素进行局部加压包扎，一般均能起到治疗作用。
手术治疗是指在其他治疗无效的情况下，腱鞘囊肿可手术摘除，但仍存在不同程度的复发机会，故术后需避免病部关节不断重复连续运动和剧烈运动，为了避免再复发的可能性。
一般来说，宫颈囊肿是一种慢性宫颈炎，要根据自身的情况来选择治疗。
1、体积小于1cm的单发宫颈囊肿，若为出现不适症状，可以先不用治疗。
2、宫颈囊肿体积大于1cm，可以选择钳夹、电灼、冰冻等方法治疗。
如果出现宫颈囊肿，伴随白带量增加、白带发黄、异味等症状，可以口服消炎药物进行抗感染。宫颈囊肿有可能合并宫颈息肉、宫颈糜烂等宫颈炎综合征，患者可以通过波姆光、超声聚焦等方式进行治疗。
宫颈腺囊肿如果是由于宫颈的生理性变化引起的，一般不需要进行特殊的治疗。如果是颈的慢性炎症、宫颈局部的损伤，从而使宫颈腺管口狭窄引起的，患者需要在医生的指导下给阴道上药来治疗慢性的宫颈炎症，常见的药物有保妇康栓、消糜栓、坤净栓等。当囊肿比较大时，患者还可以在医生的指导下进行手术，通过手术直接把囊肿戳破来达到治疗的效果。
肛周囊肿的治疗应该严格的与肛周脓肿进行区分，肛周脓肿仅需要切开引流或者把脓腔切开就可以达到根治的目的。但是肛周囊肿的治疗，它的治疗是完整切除囊肿的囊壁组织以及内容物，有任何囊壁残留都可以导致疾病的复发。
