骨髓移植排斥反应常见的为移植物抗宿主病，分为急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。典型的急性移植物抗宿主病发生在移植后2-4周，主要表现为皮肤红斑和斑丘疹，持续性厌食和腹泻，肝功能异常等。急性移植物抗宿主病的预防更为重要。
骨髓移植的手术风险还是比较大的，会导致病人出现溶血以及大出血的并发症，是会危及病人的生命安全的。进行完骨髓移植的手术会导致患者身体免疫力低下，容易导致出现病菌感染细菌感染的现象。
骨髓移植是治疗重型再障，在有同胞全合的情况下去选用。它的风险是，第一有20%左右的移植相关死亡，包括在移植过程中，会出现植入不良；并发感染出血；也可能出现排异，排异会导致一定的风险；还有疾病复发。另外一个风险，就是费用比较高。半相合供者原来认为风险很大，因为排异非常明显，半相合移植随着技术地改进，移植相关死亡率和并发症，已经大大地缓解了，对于一些非常难治的再障，尤其是年轻的病人，还是推荐去做的。
可能是骨髓移植前给予了大剂量的化疗方案预处理，预处理后处于严重的骨髓抑制期，血小板数量严重减少。骨髓移植以后血小板数量还没有恢复到正常，如果血小板数量严重减少，就有可能会发生严重的颅内出血而导致早期死亡。
骨髓移植后若是不出现排异的现象，那么就代表病者本身已经接受了捐赠的骨髓并与其进行融合，就可以使造血功能得到有效的修复甚至是全面重建，自然也就代表自身已经取得治疗性的目的且造血功能基本已经处于正常运行的状态。平时放松心情，避免焦虑，合理膳食，适当锻炼，提高身体机能。
骨髓移植对捐献者的要求有很多方面，首先捐献者身体里没有传染病。适合捐献骨髓的年龄为18－45岁，健康要求如同献血，既不能因捐献骨髓而影响捐献者的健康，又不能因接受骨髓而使患者增加新的不利因素，重要的是捐献者必须无可经血液传播的传染病：如乙型肝炎、丙型肝炎、艾滋病等。
