骶管囊肿如果没有什么特殊症状以观察为主。如果骶管囊肿出现明显的症状，比如下肢和会阴部的感觉疼痛、麻木、大小便失禁，则需要相应的治疗措施。口服营养神经类药物和止疼类的药物对症处理。如果仍然没有明显疗效，则需要通过手术方式进行治疗。
骶管囊肿的症状往往会随着病人的体位改变和时间的推移有变化。因此骶管囊肿病人在生活上应避免过于剧烈的运动，避免长时间的久站、久坐，否则导致更多的脑脊液通过囊肿的漏口渗漏到囊内，使囊肿的压力增高，从而对周围神经根压迫和刺激加重。要注意休息，清淡饮食，多吃富含维生素的蔬菜和水果，避免烟酒刺激。
骶管囊肿手术风险有两个，一个是神经的损伤，一个是漏口的闭合不全，导致复发。手术就直接将水放掉了，囊壁它本身不分泌囊液，漏口修补不严密，囊肿会复发，第二就是神经的保护，因为很多骶管囊肿都会裹神经，这些神经与囊肿在一起，做手术时就要保护好这些神经，将这些神经有的回纳到椎管内，要将这个神经从囊肿上面分开来，有的和神经，囊肿它是一部分，将这些神经给保护起来，要保护好神经，又要神经根部的囊肿的开口给封起来。
一般来说，骶管囊肿需要通过手术去除，具体如下：
骶管囊肿属于硬脊膜囊肿，起源于脊髓被膜，通常可能会出现下腰部疼痛、骶尾部疼痛、会阴部疼痛等症状。一般骶管囊肿如果对身体没有造成影响，通常是不需要进行特殊处理的。但如果出现了疼痛的症状，则需要进行手术治疗。
在进行手术后，患者应多卧床休息，经常翻身，预防褥疮，注意饮食清淡，保证营养充足。
骶管囊肿对于处理经验丰富的神经外科医生而言，是比较安全的常规手术，但如果处理不当，也是有一定手术风险的。例如，部分在术后症状缓解不满意，或缓解时间不长后囊肿又复发，甚至有症状加重，在术后出现双下肢无力、疼痛、麻木，大小便功能障碍和性功能障碍等。所幸在显微神经外科手术和术中电生理监测的治疗条件下，这些手术风险已经明显降低，手术还是相当安全的。
