如果不经过手术治疗，自然预期寿命非常短，总死亡率能够超过60%。其中50%均在出生后一个月内死亡，74%在出生半年内分型的不同导致了死亡率的不同：50%的A型单心室的平均在14岁之内死亡；而50%的C型单心室在死亡。所以如果能够早期发现，应该积极早期手术治疗。
通常情况下，部分性心内膜垫缺损症比较严重。具体情况分析如下：
部分性心内膜垫缺损症这是一种先天性心脏病。有些胎儿出生后会就会有严重的先天性心脏病，例如房间隔缺损、室间隔缺损；另外，还有一些病人会有严重的瓣膜畸形，例如二尖瓣或三尖瓣的严重闭合不全。如果不及时处理，就有可能发展成更严重的心脏病，发展成心衰。
导致胎儿单心房单心室的原因主要是由于在患儿的胚胎发育时期出现了分裂的异常情况造成，有可能是孕妇在怀孕期间服用了药物或是父母双方本身就有心脏的遗传疾病引起的。
心内膜垫缺损不是很严重。如果缺损的面积比较大，可以做介入手术，通过介入封堵来缓解病情。如果切口面积非常大，难以通过介入手术来解决，则选择外科开胸进行修补。
完全性心内膜垫缺损能治好，一般这种疾病都是先天性的，只要发现的早，治疗的快，是能治好的。建议行手术治疗，孩子出现心脏病，及早治疗也能恢复的好一些，随着孩子增大，心脏的负担加重，手术更难。手术后要注意休息，不要劳累，而且还需要定期复查。
一般来说，心内膜垫缺损需要进行外科治疗。
局部性内膜垫缺损通常在2~4岁之间进行手术治疗。若出现二尖瓣返流或左室结构异常，如主动脉缩窄、二尖瓣畸形、主动脉瓣下狭窄等，则需尽早进行手术。在出生2~4个月时，出现了严重的充血性心衰。建议在3-6个月之前做手术，否则会有肺血管阻力和不可逆增加的危险。过渡性心内膜垫缺损的时间视缺损的大小而定，缺损愈大，手术时间愈早。
