分泌治疗的副作用比较小，经过内分泌治疗常出现的症状有食欲不振、少数有呕吐、腹泻，眩晕。有些人还会出现面部潮红、皮疹等，极少数病人可出现白细胞、血小板减少，但一般不严重，但有些人会出现肝功能异常。
会影响骨的代谢，出现骨质疏松，甚至骨折。但是主要表现是骨痛，会影响患者睡眠，还会出现血脂升高等情况；这类药物主要以皮下注射为主，打完针可能会出现皮肤硬结、皮肤潮红、盗汗、皮疹等问题。
乳腺癌内分泌治疗一般针对激素受体阳性的患者，对机体有保护作用。但是内分泌治疗容易引起骨质疏松，随着患者年龄的增加，骨质流失加剧，用内分泌治疗后，骨代谢异常的状态也会加剧。用中药干预治疗，可以在不影响内分泌治疗效果的基础上，改善骨质疏松或骨代谢异常的状态，提高生存质量，保证了内分泌治疗的可持续进行，更好的发挥内分泌治疗的效果。
乳腺癌内分泌治疗后可能会出现面部潮红，潮热，体重增加，恶心，呕吐，少见月经紊乱，性功能减退，个别可发生胆汁淤积，肝脏酶谱的增高，脂肪肝，肝衰竭。不过这些不一定会发生，需要保持一个好的心态。
前列腺癌进行内分泌治疗，是有一定副作用的，具体有抑制雄激素后，雌激素水平相对增高，会导致患者体内水钠储留，可出现下肢水肿，或者循环负荷加重而导致心衰发生率增高。长期应用内分泌治疗，病人可出现慢性的骨质疏松，容易发生病理性骨折。雄激素缺乏可致慢性的贫血，男性病人出现乳房增生，毛发稀少等女性化表现。
内分泌治疗的副作用比较小，内分泌治疗后经常出现症状，食欲不振、呕吐、腹泻、头晕等有少数。有些人会出现面部潮红、皮疹，少数患者可有白细胞和血小板减少，但不严重，但有些人会出现肝功能异常;值得注意的是，如果通过药物治疗，内分泌治疗，妊娠期和哺乳期的妇女是不提倡。
