皮肤念珠菌病可采用局部疗法进行治疗。如果是皮肤、口腔或是男性生殖器感染念珠菌可在局部患处进行药物涂擦处理。如果女性的阴道感染念珠菌，可以使用一些栓剂药物进行疾病的治疗，阴道感染念珠菌治疗。
对于反复发作的情况无论全身口服药物，还是局部阴道给药都应延长治疗时间。念珠菌是人体正常菌群之一，广泛分布于自然界，是一种双相型单细胞酵母菌。念珠菌感染的药物治疗，通常选择全身用药和局部用药相结合。口服药物多使用氟康唑，外用药物多选用咪唑类栓剂、制霉菌素栓剂等。此外，注意外阴清洁及性生活卫生，勤换内裤，治疗期间禁止性生活，饮食宜清淡，忌辛辣油腻。
肾念珠菌病主要是由于念珠菌感染，因为念珠菌属于厌氧菌，所以需要服用药物进行治疗，多吃瓜果蔬菜多排小便，有助于细菌的排出，还可以稀释尿液，减轻尿液对尿道的刺激作用。
肺念珠菌病属于肺真菌病，主要是由于白色念珠菌，造成的下呼吸道真菌病，可以分为两种类型，肺炎型和支气管型，主要症状是，阵发性的咳嗽，刻出的痰是稀痰白色泡沫样，形状为胶冻状。诊断这种疾病需要有，支气管分泌物和合格的痰，在显微镜下，检查才可以明确出来，然后要看一下病人是否长期的在服用抗生素，或者，有免疫缺陷的病历，才可以确诊为肺念珠菌病。
肺念珠菌病是由白念珠菌或其他念珠菌所引起急性、亚急性或慢性肺炎。肺假丝酵母菌病分为两种，也就是病程发展的两个阶段。
一、假丝酵母急性刺激性咳嗽，咳出的痰多为白色泡沫状，偶尔伴有血丝，随着病情的发展，粘稠的粘液会变得粘稠。胸闷，气短，尤其是在晚上。
二、念珠菌性肺炎其临床症状为沫粘痰、有酵臭味、或为胶冻，有时伴有咯血，与急性细菌性肺炎相似。
支气管炎肺念珠菌病是由于白色念珠菌感染导致的，主要表现为肺炎型和支气管炎性，肺炎性白色念珠菌感染，会出现剧烈咳嗽和畏寒的症状，并且会咳出带有血丝的痰，会出现像酵母一样的臭味。支气管炎性的症状，一般情况下不会发热，会出现白色黏痰，患者口咽部黏膜上会出现点状型白膜。肺炎在x线上会出现片状阴影，支气管炎患者并没有异常表现。
