通常情况下，调节胃肠道菌群的药物有乳酸菌素片、思连康、整肠生、双歧杆菌胶囊等。
胃肠道菌群失调会导致腹胀、恶心、呕吐、反酸、嗳气、排气量增多、肠鸣、腹泻等症状。而整肠生、双歧杆菌胶囊、乳酸菌素片等都是调节胃肠道菌群的常用药物。吃这些药有助于调整肠胃中的微生物，促进消化，提高对食物的吸收。日常生活中要多吃高蛋白、高营养、高热量、低脂肪的食物，不能吃辛辣刺激、油腻、生冷的食物。另外，慢性胃炎、肠炎的患者可以口服甲硝唑、阿莫西林等抗生素。
孩子目前有肚子疼痛等现象，要注意保暖的，食物要清淡的，一定要注意保暖的，要用药治疗的，可以服用点治疗这个病的颗粒治疗的，也要用点益生菌的，不能自己乱用药会造成严重的后果。
治疗可以用：药物治疗：严重吐泻引起脱水、酸中毒及电解质紊乱者，则须静脉输入葡萄糖、生理盐水及电解质，酸中毒时则须静脉输入碱性液。病原治疗：可用环丙沙星，0.2~0.4g静脉滴注，一日2次，亦可用氧氟沙星静脉滴注，待病情明显好转后可改用口服。
抗菌治疗是细菌性痢疾治疗最主要的部分，可以有效的控制病原体，选择口服也可以选择静脉滴注。另外一些其他的对症药物也可以作为选择用药。另外要给予对症处理，对于有水分和电解质丢失应该口服其他的药物。如果病人出现持续的高热，应该以物理降温为主，适当的使用一些退热的药物。对于症状比较重。
肠道菌群失调是一旦机体内外环境发生变化，特别是长期应用抗生素，敏感肠菌被抑制，容易引起菌群失调。
肠道菌群失衡是因为多种因素引起的，造成肠道内各个微生物的失衡。正常的肠道由乳酸杆菌、大肠杆菌、类杆菌等按一定的比率构成。肠道的消化不良、肠道炎症、受凉等有害菌的数量会随着体内内外环境的改变而降低，从而影响肠道的吸收。
一般情况下，肠道菌群破坏会自己恢复，具体内容如下：
如果是在不进行任何处理的情况下，肠道微生物的损伤是可以自我修复的，就像是在不进行任何处理后，肠道菌群会自动回复到正常状态。重组后的肠道微生物种类会随着机体的自我调整而改变。如果是因为肠道菌群失调，或是抗生素的应用，都会对肠道菌群产生一定的干扰，而在机体的自我调节下，就会恢复正常。
